Las mosquitas que ves en tus plantas son, probablemente, moscas del sustrato de la familia Sciaridae. Son bichos muy habituales en los cultivos de cannabis en interior. Como bien has observado, suelen salir de la tierra y volar alrededor de las plantas, especialmente si el sustrato se mantiene demasiado húmedo. El principal riesgo que tienen es que pueden dañar las raíces, ya que las larvas viven en el suelo alimentándose de materia orgánica en descomposición y de las raíces jóvenes de las plantas. Si hay muchas y dañan las raíces en exceso, la planta puede sufrir. También pueden facilitar la introducción de otras enfermedades a través de las heridas en las raíces y ocasionar que se pudran. 

La mejor forma de controlarlas es dejar que la capa superior de la tierra se seque entre riego y riego, ya que así se dificulta la reproducción de las mosquitas. Evita el exceso de humedad y utiliza un sustrato que drene muy bien, puedes añadir algo más de perlita a la tierra para mejorar el drenaje. Hay quien riega las plantas con una solución de agua, nim y aceite esencial de canela, para que actúen como repelente y así evitar que las moscas quieran depositar allí sus huevos.